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SNP分型

实验介绍

单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphisms,SNPs)是指由于单个核苷酸碱基的改变而导致的核酸序列的多态性,表现为一种在不同个体的同一条染色体或同一位点的核苷酸序列中,绝大多数核苷酸序列一致而只有一个碱基不同的现象,有单碱基的转换、颠换、插入及缺失等形式。SNPs的研究对于疾病相关基因定位、个体遗传差异、基因组结构研究及疾病/耐药性与个体差异的关系非常重要。PCR重测序和Multiplex SnaPshot分型是SNP检测的金标准,除此之外Taqmen探针法也是常用的SNP检测方法。

PCR重测序通过PCR扩增后直接进行测序,是SNP分型检测十分有效的方法,被公认为是SNP检测的“金标准”。在测序峰图中,纯合型SNP的测序峰为单一峰型,而杂合型的为双峰,所以非常容易区分。采用这种方法,SNP检出率接近100%。

Taqman探针法可用于基因荧光定量分析、甲基化检测、SNP分型、miRNA定量分析等,其核心是特异性的MGB探针技术,已证实的Taqman探针,3段结合MGB技术,能更好的进行等位基因的区分。MGB分子结合到DNA螺旋小沟,通过稳定MGB探针/模板联合体提高杂交的检验。这种超强的稳定性可使短至13个碱基的探针提高错配的辨别力,并为困难多变的序列设计提供更高的灵活性。所有的MGB探针都包括一个不发荧光的猝灭基团(NFQ),它能真正消除传统猝灭基团产生的背景荧光,提高信噪比,从而提供检测灵敏性。

Multiplex SnaPshot分型的主要原理为单碱基延伸技术。即在紧邻SNP位点的地方设计引物,反应时加入SNP位点引物,扩增出的带有SNP位点的PCR产物,带荧光标记的ddNTP,通过单碱基延伸后引物带上SNP位点碱基相关的荧光,反应产物经测序仪上分析后,就能得到SNP位点的信息,该方法一个反应就能检测多个SNP位点。

服务流程

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客户提供

●   活细胞、新鲜或冻存血液/组织、石蜡包埋组织(可提取DNA量≥2μg)

●   DNA样本:浓度≥50ng/ul,DNA总量≥2ug,纯度 OD260/280 在1.7~1.9之间,不含PCR抑制剂

●   相关背景资料或参考文献

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服务优势

●   高通量、多位点检测

●   检出率高,周期短

●   发送完整实验报告


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